YOKOHAMA, JAPAN - JULY 18: (EDITORIAL USE ONLY) Kohei Kuroki of Roasso Kumamoto in action during the J.League second division match between Yokohama FC and Roasso Kumamoto at Nippatsu Mitsuzawa Stadium on July 18, 2015 in Yokohama, Kanagawa, Japan. (Photo by Hiroki Watanabe/Getty Images)
現在の特別指定選手制度は1998年に強化指定選手制度という名称で始められ、これまで200名以上の選手が登録されてきた。その中で最も多くの試合に出場した選手は、当時佐賀大学に在学していた黒木晃平（現ロアッソ熊本）である。
2010年、黒木は佐賀大学3年時にサガン鳥栖に特別指定選手として登録されると、リーグ戦7試合に出場。翌年もサガン鳥栖の特別指定選手に登録され、スタメン出場は1試合にとどまるも12試合に出場、通算で19試合に出場し特別指定選手として最も多くの試合に出場した選手となった。
なお、慶應義塾大学からFC東京に加入した武藤嘉紀（現マインツ）は、大学2年時と3年時にFC東京の特別指定選手に登録されるも、試合出場は1試合。大学4年時からはプロとして正式加入している。
