天皇杯2回戦の全試合が11日に終了し、3回戦進出チームが出揃った。
J1勢は順当に駒を進めたが、JFLのAC長野パルセイロに敗れた名古屋グランパスが姿を消している。名古屋に勝利した長野は、ギラヴァンツ北九州と対戦する。
また、2回戦で横浜FCを破り、長野とともに都道府県代表から3回戦に進出したJFLのツエーゲン金沢は、清水エスパルスと対戦する。
J1同士の対戦も3回戦からあり、湘南ベルマーレ対ヴァンフォーレ甲府、大分トリニータ対アルビレックス新潟の2カードが組まれている。
3回戦は、10月13、14、16日の開催を予定。試合会場は未定となっている。
3回戦の組み合わせは以下のとおり。
仙台（J1） vs 水戸（J2）
新潟（J1）vs 大分（J1）
AC長野パルセイロ（長野県代表） vs 北九州（J2）
千葉（J2） vs FC東京（J1）
浦和（J1） vs 山形（J2）
C大阪（J1） vs 神戸（J2）
柏（J1） vs 岡山（J2）
鹿島（J1） vs 京都（J2）
広島（J1） vs 熊本（J2）
湘南（J1） vs 甲府（J1）
川崎（J1） vs 東京V（J2）
清水（J1） vs ツエーゲン金沢（石川県代表）
横浜FM（J1） vs 栃木（J2）
大宮（J1） vs G大阪（J2）
松本（J2） vs 鳥栖（J1）
磐田（J1） vs 札幌（J2）